Vào lúc xảy ra cuộc tấn công Trân Châu Cảng, Yugure được phân về Hải đội Khu trục 27 của Đội 1 trực thuộc Hạm đội 1 Hải quân Đế quốc Nhật Bản cùng với các tàu khu trục Shiratsuyu, Shigure và Ariake, và đặt căn cứ tại Hashirajima trong vùng biển nội địa Nhật Bản để tuần tra chống tàu ngầm.

Vào tháng 1 năm 1942, Yugure hộ tống các tàu sân bay Hiryū và Sōryū đi đến Palau và Ambon trong cuộc chiếm đóng Đông Ấn thuộc Hà Lan, và tham gia vào cuộc ném bom Darwin vào ngày 19 tháng 2 năm 1942. Sau đó nó đặt căn cứ tại vịnh Staring thuộc Sulawesi, nơi nó thực hiện các nhiệm vụ tuần tra hô tống cho đến cuối tháng 3. Nó quay trở về Xưởng hải quân Sasebo để sửa chữa từ ngày 22 tháng 3 đến ngày 15 tháng 4 năm 1942. Vào cuối tháng 4, Yugure đi đến Truk trong thành phần hộ tống cho các tàu sân bay Shōkaku và Zuikaku, và nằm trong thành phần lực lượng của Đô đốc Takeo Takagi trong trận chiến biển Coral.

Sang tháng 5, Yugure chuyển sang hộ tống các tàu tuần dương Myōkō và Haguro quay trở về Kure. Trong thời gian diễn ra trận Midway, Ariake nằm trong thành phần lực lượng chiếm đóng quần đảo Aleut dưới quyền Đô đốc Shirō Takasu. Được điều về Hạm đội 2 Hải quân Đế quốc Nhật Bản vào ngày 14 tháng 7, nó lại được tạm thời cho tách ra để hoạt động cùng Hạm đội 4 trong một chuyến đi từ Truk đến Jaluit vào ngày 20 tháng 8. Sau khi bắn phá đảo Ocean trong ngày 23 tháng 8, một lực lượng đổ bộ từ Yugure đã chiếm đóng hòn đảo như một phần của "Chiến dịch RY" vào ngày 26 tháng 8 cho đến khi được thay phiên bởi một lực lượng đồn trú vào ngày 30 tháng 8.

Yugure sau đó được điều về khu vực quần đảo Solomon, thực hiện nhiều chuyến đi Tốc hành Tokyo vận chuyển tốc độ cao khắp khu vực quần đảo Solomon cho đến tháng 1 năm 1943. Mặc dù không tham gia trực tiếp vào trận hải chiến Guadalcanal thứ nhất, nó đã tham gia vào các hoạt động giải cứu sau đó, vớt lên tàu những người còn sống sót từ thiết giáp hạm Hiei bị đánh đắm.

Sau khi quay trở về Sasebo để sửa chữa cho đến giữa tháng 1 năm 1943, Yugure hộ tống một đoàn tàu vận tải đi đến Thanh Đảo, và từ đây đi đến Palau và Wewak vào cuối tháng 2. Nó hộ tống một đoàn tàu vận tải khác từ Truk đến Wewak và quay trở về Yokosuka vào tháng 3 và một lần nữa vào tháng 5. Nó lại đi đến Truk trong thành phần hộ tống cho tàu sân bay Unyō, rồi lại quay trở về cùng với thiết giáp hạm Musashi vào cuối tháng 5. Vào đầu tháng 6, nó lên đường hộ tống chiếc tàu sân bay Hiyō đi đến Truk, rồi quay trở về cùng con tàu trên bị hư hại vài ngày sau đó. Vào cuối tháng 6, nó hộ tống tàu sân bay Ryūhō đi từ Yokosuka đến Truk.

Vào đầu tháng 7, Yugure được giao nhiệm vụ bảo vệ các chuyến đi vận chuyển binh lính đến Kolombangara. Ngày 12 tháng 7 năm 1943, nó tham gia trận Kolombangara, trợ giúp vào việc đánh chìm tàu khu trục USS Gwin và gây hư hại các tàu tuần dương hạng nhẹ USS Honolulu và USS St. Louis. Tuy nhiên, vài ngày sau đó, khi thực hiện một chuyến đi vận chuyển binh lính đến Kolombangara trong đêm 19 tháng 7 năm 1943, Yugure bị các máy bay TBF Avenger của lực lượng Thủy quân Lục chiến Mỹ cất cánh từ Guadalcanal ném bom đánh chìm ở về phía Tây Bắc Kolombangara, ở tọa độ 07°25′N 156°45′Đ / 7,417°N 156,75°Đ / -7.417; 156.750. Tàu khu trục Kiyonami đến tiếp cứu cũng bị đánh chìm mà không có người nào sống sót; khiến cho tổng cộng có đến 468 người thiệt mạng chung cho cả hai chiếc Kiyonami và Yugure.

Vào ngày 15 tháng 10 năm 1943, Yugure được rút khỏi danh sách Đăng bạ Hải quân.[4]